Software libre en bioinformática
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BroadEsta es una lista de software bioinformático y publicado bajo licencia de software de código abierto.
| Software | Descripción | Plataforma | Licencia | Desarrollador |
|---|---|---|---|---|
| .NETO Bio | Set de herramientas basado en Microsoft 4.0 .NET para ayudar desarrolladores, investigadores, y científicos | .Marco NETO | Apache | Proyecto colaborativo |
| ÁNFORA | Software de análisis de Metagenómica | Linux | GPL | |
| Anduril | Sistema de flujo de trabajo para análisis de datos orientado a objetos. | Linux, macOS, Windows | GPL | Universidad de Helsinki |
| Ascalaph Diseñador | Programa de ordenador de propósito general para modelado molecular, simulación y diseño molecular. | GPLv2 | Agile Molecule |
|
| AutoDock | Paquete de software para realizar docking | GNU/Linux, macOS, IRIX, and Microsoft Windows | GPL | Instituto de Investigación Scripps |
| Avogadro | Editor y visualizador de moléculas | GPL | Proyecto colaborativo | |
| Bioclipse | Plataforma visual para chemo- y bioinformatica basado en la Plataforma Eclipse de Cliente Rico (RCP) | Pública de eclipse | El Proyecto Bioclipse | |
| Bioconductor | Paquete de herramientas para lenguaje R | Linux, macOS, Windows | Artístico 2.0 | Fred Hutchinson Centro de investigación del Cáncer |
| BioJava | Paquete de herramientas para lenguaje Java | Linux, macOS, Windows | LGPL v2.1 | Fundación bioinformática abierta |
| BioJS | Paquete de herramientas para lenguaje Javascript | Navegador de web | Apache | Proyecto colaborativo |
| BioMOBY | Registro de servicios web | Navegador de web | Artístico | Fundación bioinformática abierta |
| BioPerl | Paquete de herramientas para lenguaje Perl | Multiplataforma | Artístico, GPL | Fundación bioinformática abierta |
| BioPHP | Paquete de herramientas para lenguaje PHP | GPL v2 | Fundación bioinformática abierta | |
| Biopython | Paquete de herramientas para lenguaje Python | Multiplataforma | Biopython | Fundación bioinformática abierta |
| BioRuby | Paquete de herramientas para lenguaje Ruby | GPL v2 o Ruby | Fundación bioinformática abierta | |
| CP2K | Simulación atomística de sistemas de estado sólido, líquido, moleculares y biológicos | GPL Y LGPL | Código abierto libre GNU GPLv2 o más tarde | |
| EMBOSS | Conjunto de paquetes para secuenciación y búsqueda bioinformática | GPL Y LGPL | Proyecto colaborativo | |
| Galaxia | Sistema de integración de datos y Flujo de trabajo científico | Estilo Unix | Académico Libre | Proyecto colaborativo |
| GenePattern | Sistema de flujo de trabajo científico que proporciona cientos de herramientas de análisis genómico | Estilo Unix (servidor público); Linux, macOS, Windows | MIT | Instituto Broad , UC San Diego |
| Geworkbench | Plataforma de integración de dato genómica | Linux, macOS, Windows | GeWorkbench Licencia | Columbia Universidad |
| GMOD | Toolkit Para dirigir muchos retos comunes en bases de datos biológicas | Estilo Unix (servidor), navegador de Web (cliente) | Varía depende de la herramienta | Proyecto colaborativo |
| GenGIS | Sistema para combinar información de mapas con secuencias biológicas. | Windows, macOS | GPL | Proyecto colaborativo |
| Genomespace | Aplicación web centralizada que proporciona transformaciones de formato del dato y facilita conexiones con otras herramientas bioinformáticas | Navegador de web | LGPL | Instituto Broad, Proyecto colaborativo |
| Suave | Un equivalente al software propietario Vector , herramienta para analizar y editar archivos de secuencia del ADN | GPL | Magnus Manske | |
| GROMACS | Paquete de dinámica molecular principalmente diseñado para simulacros de proteínas, lípidos y ácidos nucleicos. | Linux, macOS, Windows | Público común 1.0 | GenoViz |
| Integrated Genome Browser | Navegador de genoma de escritorio basado en Java | Linux, macOS, Windows | Público común 1.0 | GenoViz |
| InterMine | Sistema de almacén de dato extenso, para el análisis e integración de datos biológicos | Multiplataforma | LGPL | Universidad de Cambridge |
| LabKey Servidor | Plataforma de software, deja organizaciones para integrar, analiza, y compartir complejo biomedical dato | Linux, macOS, Windows | Apache | Fundación de software LabKey |
| LAMMPS | Programa de dinámica molecular | Linux, macOS, Windows | Apache | Laboratorio Nacional de Sandia |
| mothur | Software para análisis del rRNA 16S | Linux, macOS, Windows | Universidad de Míchigan | |
| PathVisio | Software de escritorio para dibujar, analizar y visualizar rutas biológicas | Linux, macOS, Windows | Apache 2.0 | Universidad de Maastricht |
| Naranja | software de aprendizaje automático, con interfaz gráfica interactiva para análisis exploratorio de datos y librerías de Python | Linux, macOS, Windows | GPL | Universidad de Ljubljana |
| Staden | Ensamblaje de secuencia, edición y análisis, principalmente constando de gap4, ga5, y espín. | Linux, macOS, Windows | BSD | Consejo de investigaciones médicas del Fondo Wellcome, Instituto Sanger Instituto. |
| Banco de trabajo Taverna | Herramienta para diseñar y ejecutar workflows | Linux, macOS, Windows | LGPL | myGrid |
| UGENE | Herramientas bioinformaticas varias | Linux, macOS, Windows | GPL 2 | Unipro |
| Unipept | Análisis de biodiversidad de metaproteomas | Navegador de web | MIT | Universidad Ghent |
| VOTCA | Paquete de modelado molecular de grano grueso | GNU/Linux, macOS, Windows, cualquiera otra variedad de Unix | Licencia de apache 2.0 | Instituto Max Planck para investigación en Polímeros |